细胞的排斥反应可以理解为是一种识别和清除异己的功能，而这种排斥反应主要是由身体内的免疫系统来担负的。免疫是人体的一种保护性生理(偶尔也有病理性的)反应，其作用是识别“自己”和“异己”，并排除抗原性“异物”，如病原生物及其产物、衰老的自身细胞、突变的细胞等，以维持机体内环境的平衡和稳定。免疫有特异性免疫和非特异性免疫之分，也有体液免疫和细胞免疫之别。而这些免疫反应都直接地或间接地受集体的遗传机理所控制。

医学上碰到的细胞排斥反应，最典型的莫过于器官移植的排斥。早在20世纪40年代，就发现移植物被排斥的基础是一种免疫反应，其中尤以主要组织相容性抗原为主。该抗原系统是目前已知的最复杂的基因系统，由许多紧密连锁的基因所组成。这些基因控制着许多抗原的产生，这些抗原在人体许多组织内都可以检测到。人体白细胞膜上的特异抗原与移植物的排斥反应关系极为密切。同一个体的各种组织细胞膜上的白细胞抗原完全相同。不同个体的细胞膜上有着不同的抗原。临床上进行的器官移植多属于同种异体移植，在移植过程中发生的免疫排斥反应，是移植物存活的巨大障碍。因此，了解移植过程中发生排斥反应的原因，采取有效措施以防止排异反应的发生，已成为移植成败的关键。