潜水航空母舰拥有许多种战斗性能。战斗时，可以升出水面，迅速地放出飞机，投入战斗;巡逻的时候，能潜入水下，同时当做弹道导弹潜艇使用。

从80年代以来，美国提出了潜水航空母舰的概念，就是在巡航时潜入水底15～20米处，机起降时浮出水面，潜水航空母舰拥有隐蔽性好、不容易遭受敌人飞机或者水面舰艇袭击等特点。

有些专家提出，潜入水下是要避免对方发现，因此下潜的深度以潜望镜刚露出水面为准，没有必要深潜;潜水以后，舰上的各种雷达与无线电通信天线要能伸出水面;并且排水量不应过大，以现代小型航空母舰的大小为准;飞行甲板不应太长，垂直短距飞行可以起降便可;内装有导弹垂直发射器;使用核动力装置，让水下航速可达到35节、水面航速可达到30节。有人说，当前难以攻破的难点主要是潜水航空母舰的舰体密封相当困难;舰体下潜前与上浮后各部位启动、操作很复杂，需要时间太长;防水、防漏和维修保养等总是很难全部解决.