两千多万年前，长江上游的地壳发生过强烈运动。在高温与高压的作用下，岩浆同有机物、无机物混合，形成了各种颜色的岩石。经过长期的风化作用和长江流水的磨洗以及相互冲撞摩擦，这些石头便成了光滑小巧的雨花石。这些石子沉积于江底，越积越多，以致江道淤塞，江水改道流向大海，南京便成了陆地。这就是南京有雨花石的原因。