人体有些地方是不能有任何细菌的，如血液、骨髓内，但有些器官却必须有细菌存在，如肠腔、皮肤、口腔等。当然，这些细菌是不具有通常的致病性质的。

大肠中有许多细菌。细菌中含有的酶，能使食物残渣和植物纤维分解。其中有益物质由肠壁吸收，有害物质则呈大便形式排出体外。大肠内细菌还能利用肠内较简单的物质，合成复合维生素B和维生素K，它们由肠壁吸收后对人体具有营养作用和凝血功能。据估计，粪便中死的和活的细菌约占粪便固体总量的20%～30%。肠道内正常生长的细菌还有抑制致病微生物的作用。有些长寿老人，由于膳食结构的关系，他们大肠中的正常寄生菌较多，因而致病菌较少。学者解释这种情况是长寿的重要因素之一。‘酸牛奶和乳酶之所以有益于健康，原因就在于其中的乳酸杆菌可以抑制致病菌的生长和繁殖。不适当地使用抗生素，会大量杀灭肠道内正常的寄生菌，其后果往往会导致真菌性肠炎，原因便是肠道菌丛的改变。

正常皮肤表面寄生的细菌有小球菌、棒状杆菌、糠秕孢子菌等，它们可将皮脂分解成游离脂肪酸，对皮肤表面的致病菌有抑制作用。